История Казахского научно-исследовательского института водного хозяйства (КазНИИВХ) начинается в 1950 году, когда в соответствии с постановлениями Совета Министров СССР и Казахской ССР был создан Казахский научно-исследовательский институт водного хозяйства. С момента основания Институт стал ключевым научным центром в области водного хозяйства и гидромелиорации.

В 1964 году Институт был передан в ведение Министерства мелиорации и водного хозяйства СССР и получил статус научно-исследовательской организации общесоюзного значения отраслевого профиля, что укрепило его роль в развитии водной отрасли на уровне всего Союза.

В 1988 году КазНИИВХ был передан в ведение Министерства водного хозяйства Казахской ССР, а в 1991 году вошёл в систему Казахской академии сельскохозяйственных наук. В последующие годы Институт продолжил развитие в составе научных и образовательных структур Республики Казахстан, включая Национальный академический центр аграрных исследований.

В 2002 году Институт был реорганизован в дочернее государственное предприятие «Научно-исследовательский институт водного хозяйства» в составе республиканского государственного предприятия «Юго-Западный научно-производственный центр сельского хозяйства» Министерства сельского хозяйства Республики Казахстан.

С 2007 года Институт функционировал в составе акционерного общества «КазАгроИнновация» в форме товарищества с ограниченной ответственностью. В 2015 году КазНИИВХ стал структурным подразделением Национального аграрного научно-образовательного центра.

В 2020 году Институт был передан в ведение Министерства экологии, геологии и природных ресурсов Республики Казахстан, а с 2023 года входит в структуру Министерства водных ресурсов и ирригации Республики Казахстан.

На протяжении всей своей истории КазНИИВХ обеспечивает научное сопровождение развития водной отрасли, вносит значительный вклад в решение задач рационального использования водных ресурсов, развития ирригации и повышения водной безопасности страны.

Руководители института

С момента своего основания Институт прошёл значительный путь развития, на каждом этапе которого важную роль играли его руководители. Их профессионализм, управленческий опыт и научный потенциал способствовали укреплению позиций Института, расширению направлений деятельности и повышению его авторитета в научно-образовательной среде. Под их руководством формировались научные школы, реализовывались значимые проекты и обеспечивалось поступательное развитие учреждения.

В разные периоды Институт возглавляли:

— Мухамеджанов Копей Мухамеджанович (1950–1957 гг.)

— Беркалиев Зейнулла Темралиевич (1958–1973 гг.)

— Жулаев Аскар Жангазович (1973–1988 гг.)

— Мухамеджанов Валиахмет Нуриахметович (1988–2004 гг.)

— Ибатуллин Сагит Рахматуллаевич (2004–2008 гг.)

— Балгабаев Нурлан Нурмаханович (2008 г.– июль 2022 г.)

— Тажгалиев Еркин Нурланович (июль 2022 г. – май 2024 г.)

— Балгабаев Нурлан Нурмаханович (май 2024 г. – октябрь 2025 г.)

— Саиров Серик Бияхметович (с ноября 2025 г.)